Son travail porte la marque de son statut d'autodidacte et témoigne de la création d'un langage propre à un cinéaste. Ainsi, c'est en filmant qu'il apprend le cadrage, l'éclairage, le son, le montage, la postsynchronisation, la direction d’acteurs.
Vers le début des années 1980, des grands thèmes commencent à se dégager de son travail. Son emploi fréquent de créatures de toutes sortes (savants fous dépassés par leurs créations, sociétés secrètes, tortures, malédictions diverses, etc.) le place en expérimentateur du film fantastique d'épouvante. Par ailleurs, on remarque aussi un certain ancrage dans l’histoire, en particulier les deux guerres mondiales, présentant la Wallonie industrielle avec tout son passé de luttes et de révoltes14.
L'œuvre de Jean-Jacques Rousseau se veut la démonstration qu'une insoumission face aux diktats économiques et financiers du cinéma est possible[réf. nécessaire]. Il s'y élève aussi contre les exigences techniques et esthétiques des cinéastes « professionnels ». Il a ainsi filmé la bataille de Waterloo dans son jardin, ou reconstitué la bataille de l’Yser avec trois acteurs et une vache. Il n'est cependant pas réductible à un « Ed Wood belge », dans la mesure où il a conscience de la pauvreté de ses moyens mais l'assume et en joue comme un moyen de souligner sa volonté artistique.
« Bricolés avec des bouts de ficelles et quelques sous, ces films charrient, à jets continus, des cauchemars récurrents, inspirés de ces séries B et Z des années cinquante, mélange à la sauce artisanale de ce que le cinéma de genre a pu nous proposer de pire. Car les films de Jean Jacques Rousseau sont, dans un premier temps, ce que l’on peut imaginer de plus navrant. Réalisés à l’emporte-pièce sans s’embarrasser d’une cohérence narrative qui viendrait sans doute alourdir le récit, joués par des amateurs qui ne savent pas toujours ce qu’ils font là, ils sont au cinéma d’auteur, ce que le barbare est au civilisé, une insulte et une menace. » (Philippe Simon)
